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深入探究“红旗”倒地始末 谁是它的“终结者”？
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按照国家"核高基"重大专项的规定，政府在下拨课题支持资金时，企业和地方政府也需要配套相应的资金。员工们认为，正是因为中科院软件所未能履行当初足额补齐资金的承诺，才导致中科红旗走向关门。
不过，中科院软件所发布的声明中回应，配套资金未能到位的原因是中科红旗单方面退出，中科红旗遭遇困境主要是因为管理团队经营不善，与"核高基"配套资金并没有关系。2009年，软件所曾联合中科红旗、中科方德，成立了"核高基"项目总体部，旨在统一调配人员资源，统筹解决配套资金等，但是中科红旗2010年退出总体部。软件所认为，为中科红旗配套资金的前提条件不复存在，因此也没有必要为其配套资金。
疑问：谁"击倒"了中科红旗？
对于中科红旗何以走到今天的地步？一名不愿透露姓名的中科红旗员工表示："不能仅以一句‘经营不善’就能简单概括，其必然还有更多深层次的原因。管理层是否有战略上的问题？是否有人有贪腐行为？普通员工是否有过错？资方是否尽到了应尽的责任？一系列的原因导致了现状。"
中科院软件所在声明中认为，公司经营一直很困难，近十年来时间需要依靠第一大股东中科院软件所额外的输血支持，但该公司部分员工对此否认，认为公司近年一直处于盈利状态，且客户规模在扩大。
有业内人士据此怀疑："盈利来自市场还是来自政府扶持，公司自身造血能力如何？如果公司的确盈利状况良好，对于董事会来说，谁会跟钱过不去？"
软件所旗下的另一家公司中科方德也屡被员工提起。由于后成立的中科方德是软件所下属项目法人单位，而中科红旗拥有8个股东，因此员工认为软件所对于"亲生"和"抱养"的孩子厚此薄彼。
中科红旗股东之间意见不一致所导致的决策效率低下，则被认为是中科红旗目前问题的症结所在。由于公司章程规定合资各方的董事对公司重大事项都有一票"否决权"，多项意在改善公司治理结构的议案均因上述原因而无法得到贯彻执行。讽刺的是，同意解散公司、进入清算程序，是该公司股东之间14年来唯一意见一致的公告。
另外，公司创始人、原中科院软件所副所长孙玉芳2005年的因病去世，也被认为公司在争取产业资源、与大股东沟通等方面失去了支撑，以致成了"没娘的孩子"。有高层认为，如果中科红旗当时能按孙玉芳当年规划的道路走下去，中科红旗可能赢来转机。
