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深入探究“红旗”倒地始末 谁是它的“终结者”？
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"软件所有国内最强大的技术实力，当时还引进了外企的管理体制，更为重要的是，国产操作系统符合国家信息战略的发展需要。公司应该可以具备非常强势的市场地位。"一名中科红旗的老员工告诉记者，公司最终走到今天的地步，实在值得决策层和有关方面反思。
据悉，中科红旗成立后，在政府优先采购国产软件政策的支持下，中科红旗一度成为政府采购的主力，获得诸多国企和政府的订单，而在保护知识产权的背景下，监管部门规定上市电脑必须装有操作系统，为降低成本，联想、惠普等公司的电脑都曾预装红旗的系统。(不过，一些购买了预装红旗系统电脑的用户，往往回家就卸掉红旗，装上盗版Windows系统。)
追访：员工、资方各执一词
事实上，中科红旗爆发生存危机至少可以追溯到近一年前。一名中科红旗的员工回忆，去年4月的一天，该公司的百名员工被召集开会，公司总裁贾栋在会上称，由于公司的资金链出现问题，当月工资无法如期发放。
这仅仅只是这场危机的序幕。从那时至今的近一年时间里，员工们的工资一直没有发放。尽管有部分员工陆续离去，但多数员工仍然坚持在公司上班。到了去年底，位于紫金大厦的办公场地由于长期拖欠物业租金等问题而被停水停电，最终只能关门。
在这个过程中，被欠薪的员工们开始维权，他们把矛头对准了大股东——中科院软件所，甚至一度拉着"软件所还我核高基专项款，大股东无视员工死活"的横幅到中国科学院和工信部请愿讨薪。
这份请愿书中称："为了核高基项目的顺利完成，中科红旗预支了本当用于后续公司发展的储备资金及员工薪资预算，以此弥补了课题资金缺口，由此直接导致了中科红旗在2013年3月开始出现资金链匮乏，直至彻底断裂。"
但中科院软件所随后发布的《关于中科红旗情况的声明》则否认了这一情况，认为中科红旗是因为自身经营的问题导致现状。
双方争执的焦点——"核高基"是国家科技重大专项"核心电子器件、高端通用芯片及基础软件产品"的简称，主要目标是在芯片、软件、电子器件领域，攻克一批关键技术、研发一批战略核心产品。在2010年的"核高基"重大专项竞标中，中科红旗曾牵头承担了"通用桌面操作系统研发及产业化"主要课题。
