怎么把两块不同的板画在一起给厂家制板时是分开的

用CAD画个连着的板框,标明拼板方向,给厂家就行了,像你这样规则的板,用V-CUT就行！ 或者你用CAM软件把所有层拼一起也一样,前者简单！

直接把他生成GERBER文件给厂家行吗？

把两个PCB用一个板框圈住，中间用开槽隔开，当作是拼版了，还能节约费用呢。
如果发GERBER，厂家会当作一个PCB拼版做了。感觉是这样的。

threetigher 说的可行得通,能节省经费.另外可以在cam中拼板

问题是我发GERBER文件给厂家说明这是要拼板，还是发PCB原始文件给厂家说这是要拼板呢

如果让厂家CAM拼版，应该是发两个PCB文件或者两个GERBER。
楼主两个PCB坐在一个文件里面了，你的GERBER肯定只有一个文件。
你的两个PCB之间要留有足够的边距，要么你自己设置V-cut，要么和厂家说一声要沿中线切割。

如果让厂家CAM拼版，应该是发两个PCB文件或者两个GERBER。
楼主两个PCB坐在一个文件里面了，你的GERBER肯定只有一个文件。
你的两个PCB之间要留有足够的边距，要么你自己设置V-cut，要么和厂家说一声要沿中线切割。

V-CUT怎么设置呢？

不用设置, 标一条线就可以了,注明"V-CUT" , 然后发出去, 人家会明白的.