这种情况如何处理？

这样走飞线属于偷懒吧...设计检查的时候把那两个端口取消掉?我也不太清楚

通常设计单面PCB板会遇到这类问题，只要放置两个焊盘，把尺寸设大一些并放置丝印标识。设计规则检查时报错可以置之不理。如果是设计双面板就得调整布局，不是万不得已不要留飞线。